La Asociación Iberoamericana de Filosofía de la Biología se reúne cada tres años en un congreso internacional para dar cuenta de los trabajos realizados, compartir experiencias, asistir a conferencias magistrales, cursos, talleres y foros de discusión, y para llevar a cabo su asamblea general.

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El Congreso inaugural se llevó a cabo en la ciudad de Valencia, España en 28 a 30 de noviembre de 2012.

El II Congreso de la AIFIBI se llevó a cabo en Valle de Bravo, México, del 7 al 11 de septiembre de 2015.

El próximo Congreso se llevará a cabo en Colombia, en el año 2018